ברכות לפרופ' אהרון אורן על הגדרתו כמדען מצוטט ביותר ע"י Clarivate

פרופ' (אמריטוס) אהרון אורן
ציון מדען מצוטט ביותר בשנת 2023 ע"י Clarivate

פרופ' אהרון אורן נכלל ברשימת Highly Cited ResearchersTM (המדענים המצוטטים ביותר) לשנת 2023 של ClarivateTM (https://clarivate.com/highly-cited-researchers/). מתוך אוכלוסיית המדענים ומדעני החברה בעולם, Highly Cited ResearchersTM הם 1 מכל 1,000. כל חוקר שנבחר חיבר מספר Highly Cited PapersTM אשר מדורגים ב-1% המובילים לפי ציטוטים עבור התחום/ים שלהם ושנת הפרסום שלו ב-Web of Science בעשור האחרון.

ClarivateTM סימנה ארבע מעבודותיו של פרופ' אורן בתור Highly Cited PapersTM. שלוש הן בתחום הטקסונומיה והנומנקלטורה של פרוקריוטים [1-3], ואחת עוסקת בפיזיולוגיה ובביוכימיה של מיקרואורגניזמים החיים בריכוזי מלחים גבוהים מאוד [4].

הנומנקלטורה של פרוקריוטים (חיידקים וארכיאות) מוסדרת על ידי ה-International Code of Nomenclature of Prokaryotes (ICNP), שפרופ' אורן הוא העורך הראשי שלו [5]. הגרסה האחרונה של ה-ICNP כללה את דרגת ה- phylum ואת הכללים למתן שמות ל- phyla. בהתבסס על הכללים החדשים שאושרו, פורסמו שמות תקניים של 42 phyla של פרוקריוטים [1]. אלה כוללים מספר phyla שהיו ידועים בשמות אחרים, למשל Pseudomonadota ו- Bacillota, בעבר Proteobacteria ו-Firmicutes.

כתבי עת המפרסמים תיאורים של מינים חדשים של פרוקריוטים בימינו דורשים קביעה של רצף הגנום של האורגניזם החדש. כדי להבטיח איכות מתאימה של רצפי הגנום שהופקדו במאגרי מידע, תוארו תקנים מינימליים לאיכות רצפי הגנום עם הנחיות כיצד ניתן ליישם אותם למטרות טקסונומיות [2].

ערך ה- Average Nucleotide Identity (ANI) בין שני גנומים משמש לעתים קרובות לתיחום מינים (species) של פרוקריוטים. התרומה של רצף הגנום לתיחום סוגים (genera) נחקרה פחות. נמצא כי אחוז החלבונים השמורים משמש כאינדקס גנומי חזק לקביעת גבול הסוג (genus) לקבוצות פרוקריוטיות [3].

רוב מחקריו הקודמים של פרופ' אורן עסקו באקולוגיה ובפיזיולוגיה של מיקרואורגניזמים החיים בסביבות על-מלוחות. אסטרטגיה אחת המשמשת מיקרואורגניזמים הלופיליים והלוטולרנטיים כדי להתמודד עם פעילות המים הנמוכה של סביבתם היא צבירת אשלגן כלוריד ומלחים אחרים, והתאמת המנגנון התוך-תאי לתפקד בנוכחות ריכוזי מלחים גבוהים. ארכאיות הלופיליות רבות ומספר קטן של חיידקים משתמשים באפשרות זו. אסטרטגיה נפוצה יותר היא סינתזה ו/או הצטברות של מומסים אוסמוטיים אורגניים. כדי לקבל תמונה אינטגרטיבית של ההסתגלות של מיקרואורגניזמים לחיים בריכוזי מלחים גבוהים בעולם נעשתה השוואה בין האסטרטגיות המשמשות מספר אורגניזמים מודלים: Halobacterium salinarum (Archaea) ו-Salinibacter ruber  (Bacteria) שצוברים KCl, Halomonas elongata כנציג של החיידקים המסנתזים מומסים אוסמוטיים אורגניים, ומיקרואורגניזמים אוקריוטיים כולל האצה הירוקית החד-תאית Dunaliella salina, השמר השחור Hortaea werneckii, והפטריה Wallemia ichthyophaga (Basidiomycetes) המשתמשים בגליצרול ובמומסים אורגניים אחרים [4].

 

[1] Oren A, Garrity GM. Valid publication of the names of forty- two phyla of prokaryotes. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 2021;71:005056. doi: 10.1099/ijsem.0.005056.

[2] Chun JOren AVentosa A, Christensen HArahal DRda Costa MS, Rooney APYi H, Xu X-WDe Meyer S, Trujillo ME. Proposed minimal standards for the use of genome data for the taxonomy of prokaryotes. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 2018;68:461-466. doi: 10.1099/ijsem.0.002516.

[3] Qin Q-LXie B-BZhang X-YChen X-LZhou B-CZhou J-ZOren AZhang Y-Z. A proposed genus boundary for the prokaryotes based on genomic insights. Journal of Bacteriology 2014;196:2210-2215. doi: 10.1128/JB.01688-14.

[4] Gunde-Cimerman N, Plemenitaş AOren A. Strategies of adaptation of microorganisms of the three domains of life to high salt concentrations. FEMS Microbiology Reviews 2018;42:353-375.doi: 10.1093/femsre/fuy009.

[5] Oren A, Arahal DR, Göker M, Moore ERB, Rosselló-Móra R, Sutcliffe IC. International Code of Nomenclature of Prokaryotes. Prokaryotic Code (2022 Revision). International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 2023;73:005585. doi: 10.1099/ijsem.0.005585.

 

 

פרופ' אהרון אורן