פרופ' בן-ציון גינזבורג החל את קריירת המחקר שלו בהנחייתו של פרופ' אהרון קציר, עבודה שהביאה למאמר המבשר את המאפיינים של מחקרו העתידי בתחום הביופיסיקה. מאמריו הרבים עוסקים בעיקר בתנועת מים בצמחים ובחיידקים. מחקרים אלה, רבים מהם עם אשתו, פרופ' מרגרט גינזבורג, כמחברת שותפה, משלבים תיאוריה וטכנולוגיות חדשניות.
עבודתו האחרונה הובילה להבנה מלאה כיצד מתמודדים חיידקים בים המלח עם ריכוזי המלח הגבוהים במים בהם הם חיים, ריכוזים שיהיו קטלניים לאורגניזמים פחות מותאמים לסביבה כזו.