ימים ראשונים
בשנת 1925, שנת הפתיחה של האוניברסיטה העברית בהר הצופים בירושלים, נוסדה המחלקה הבוטנית כחלק מן ה"מכון לחקר טבע ארץ ישראל", ובהמשך היא הועברה לירושלים. צוות המחלקה כלל את פרופ' אוטו ורבורג וד"ר אלכסנדר אייג, ואליהם הצטרפו מיכאל זהרי ונעמי פיינברון. שלישיית החוקרים אייג, זהרי ופיינברון התמקדה בחקר צמחית ארץ ישראל ושכנותיה. במסגרת פעילות זו הוקמו העשביה (שמהווה היום חלק מאוספי הטבע הלאומיים) והגן הבוטני בהר הצופים, שהיה הגן הבוטני הראשון בא"י ובמזרח התיכון כולו. כמו כן, פורסם מגדיר הצמחים המקיף הראשון "המגדיר לצמחי ארץ ישראל". בהמשך הצטרפו למחלקה פרופ' טשרנה רייס, פרופ' זייציק ופרופ' אבן-ארי, אשר הרחיבו את תחומי המחקר של המחלקה.
ב- 1928 מונה פרופ' שמעון בודנהיימר למרצה וחוקר בתחום הזואולוגיה והקים את המחלקה לזואולוגיה. קטלוג כל בעלי החיים בישראל שפרסם פרופ' בודנהיימר בצרפתית (1937) צוטט בפרסומים מדעיים רבים, וספרו "אנטומולוגיה כללית" שימש את החוקרים בארץ שנים רבות לאחר פרסומו. תוך שנים ספורות הצטרפו למחלקה לזואולוגיה גם פרופ' ישראל אהרוני, פרופ' גיאורג האס ופרופ' קרל רייך. הוראת הביולוגיה באוניברסיטה העברית החלה רק בשנת תרצ"ג (1932/33).
עבודתם של החוקרים המייסדים הניחה את המסד לפעילותו העכשווית של המכון למדעי החיים בשלוש חזיתות:
- מחקר אקדמי מעמיק, העוסק במגוון תהליכים ומנגנונים, תוך אינטגרציה וקישור בין רמות הארגון השונות בעולם החי והצומח, והמשלב מחקר בסיסי עם אספקטים יישומיים בתחומי הביו-רפואה, התעשיה הביוטכנולוגית והחקלאות.
- הוראה ברמה אקדמית גבוהה, המציגה את מגוון הדיסציפלינות במדעי החיים, תוך שימת דגש על חשיבה ביקורתית ויצירתית והתנסות במיומנויות של איסוף ועיבוד נתונים במחקר מדעי.
- ביסוס קשרי אקדמיה-קהילה בין העוסקים במחקר לבין הקהל הרחב, המתעניין באספקטים שונים של מדעי החיים וברלוונטיות שלהם לחיי היומיום של כולנו.
מלחמת העצמאות
מיד לאחר ההצבעה באו"ם על תכנית החלוקה (29.11.1947) נוצר בירושלים קושי להפעיל תחבורה קבועה ובטוחה אל הר הצופים וממנו. חלק מן החוקרים ניסו להעביר את הציוד שלהם מהר הצופים לבניינים שונים במרכז העיר ואף לבתיהם הפרטיים, כדי להמשיך בעבודתם המדעית. במקביל הצטרפו רבים מחברי הסגל האקדמי והסטודנטים לכוחות הלוחמים. לפיכך, הצטמצמו בהדרגה המחקר וההוראה בחודשים הבאים, עד שהופסקו לחלוטין לאחר ההתקפה הקטלנית על שיירת הדסה בדרכה להר הצופים (13.4.1948). שיירה זו כללה עובדי רפואה של בית חולים הדסה הר הצופים, עובדים של האוניברסיטה העברית, אנשי 'הגנה', חולים ואזרחים. שבעים ושמונה מנוסעי השיירה נהרגו, כשהשיירה הותקפה בשכונת שיח' ג'ראח על ידי כוחות ערביים. חוקרי המחלקה לבוטניקה שהיו אמורים להצטרף לשיירה זו ניצלו מגורלם המר של אנשי השיירה, מכיוון שדחו את עלייתם להר הצופים, כדי להשתתף בחתונתו של חברם - הבוטנאי אברהם פאהן.
לאחר המלחמה חודשו הלימודים באוניברסיטה העברית רק בחודש אפריל 1949 .
לאחר מלחמת העצמאות
הסכמי שביתת הנשק שנחתמו בין ישראל לירדן ב-1949 השאירו את קמפוס הר הצופים של האוניברסיטה העברית, כמובלעת ישראלית בשטח הירדני, ולכן הועברו המחקר וההוראה לבניינים שונים ברחבי ירושלים. כך, למשל, מוקמו המחלקות לבוטניקה וזואולוגיה קודם בבנין טרה סנטה, ואחר כך במנזר האיטלקי "סן אנטוניו" ברחוב ז'בוטינסקי בתוספת מספר צריפים טרומיים על הגבעה שממול (כיום בית הנשיא). החל משנות החמישים של המאה העשרים נוסדו מספר מחלקות נוספות, ביניהן המחלקה לגנטיקה (אשר שכנה קודם במנזר סן אנטוניו, ואחר כך עברה לבניין טרה סנטה), המחלקה לנוירוביולוגיה (אשר שכנה במגרש הרוסים) והמחלקה לאבולוציה, סיסטמטיקה ואקולוגיה (כיום המחלקה לאקולוגיה, אבולוציה והתנהגות).
בשנות החמישים של המאה ה-20 הוקם קמפוס גבעת רם, בו רוכזה מרבית פעילות האוניברסיטה (למעט הפקולטות לרפואה ולחקלאות). המחלקה לבוטניקה עברה לגבעת רם כחלוצת הפקולטה למתמטיקה ולמדעי הטבע, והתמקמה בביתנים הצמודים לאולם קנדה. בשנת 1965 הפקיעה העירייה את שטח הצריפים עבור בית הנשיא, ואז הועברה המחלקה לזואולוגיה למגרש הרוסים, ובמנזר האיטלקי נותרה המחלקה לגנטיקה.
בשנות הששים, בעקבות המלצתה של וועדה מיוחדת אשר מונתה ע"י הרקטור דאז, פרופ' ג'וליו רקח, החלה הפקולטה למתמטיקה ומדעי הטבע להתארגן בחמישה מכונים עיקריים: מתמטיקה, כימיה, פיסיקה, מדעי החיים ומדעי כדור-הארץ. החלטה זו הביאה ב-1967 לאיחודן של המחלקות הביולוגיות השונות במסגרת ארגונית אחת, ואליהן צורפה המחלקה לכימיה ביולוגית, שהשתייכה עד אז לביה"ס לכימיה ששכן בממילא. במהלך שנות השבעים הוקמה גם המחלקה לנוירוביולוגיה במגרש הרוסים.
רק ב-1968 החלה בנייתו של בניין מרכזי בקמפוס גבעת רם עבור מחלקות המכון למדעי החיים. בשנת 1976 נקרא המכון על-שמו של אלכסנדר סילברמן, מייסד חברת Penn Corporation שבפילדלפיה. בניין המכון אוכלס בשנת 1978. ביוזמת פרופ' דניאל זהרי, רוכזו הבוטנאים והזואולוגים העוסקים במחקר "רטוב'' בבניין הראשי, ואילו עמיתיהם העוסקים בחקר אוכלוסיות, יחד עם אוספי הטבע הלאומיים שוכנו בבנייני ברמן-שטורמן, ופיתחו ב-1985 את המחלקה לאבולוציה, סיסטמטיקה ואקולוגיה, שהפכה לימים למחלקה לאקולוגיה, אבולוציה והתנהגות.
ראשי המכון למדעי החיים
ראש המכון הראשון היה פרופ' אלכסנדר קינן, שמונה לתפקידו זה בשנת 1967. מאז כיהנו בתפקיד פרופ' אברהם מאייר, פרופ' גדעון אורשן, פרופ' דן כהן, פרופ' דניאל זהרי, פרופ' חפציבה אייל-גלעדי, פרופ' אברהם לויטר, פרופ' אלכסנדר לויצקי, פרופ' איתנה פדן, פרופ' חרמונה שורק, פרופ' שמעון שולדינר, פרופ' יוסף ירום, פרופ' יוסף הירשברג, פרופ' יואב קבנצ'יק, פרופ' שי ארקין, פרופ' רן נתן, פרופ' יוסי גרינבאום, פרופ' עודד ליבנה ופרופ' גיא בלוך, ראש המכון הנוכחי.