במכון למדעי החיים ישנם  שישה חוגים לתואר שני ושלישי. 

כל חוג כולל מספר חוקרים העוסקים בתחומים דומים, ואחד מהם מתמנה לראש החוג. ראש החוג, בשיתוף עם המנחה הישיר של תלמיד המוסמך, אחראי לקביעה ואישור של תכנית הלימודים של כל תלמיד. ראש החוג גם אחראי לבחינת סיום המוסמך ולמתן הציון הסופי לתואר.

ההליך המדויק משתנה בין החוגים, אבל באופן כללי, עבודת המחקר אמורה להתבצע במעבדתו של המנחה, לרוב באחד מתחומי העיסוק של המעבדה.
בחלק מן החוגים יש שלב של אישור תוכנית המחקר, לרוב לקראת סוף השנה הראשונה למוסמך.
התוצר הסופי של המחקר הוא עבודת מוסמך כתובה - את ההנחיות המדויקות ניתן למצוא באתרי החוגים והמכון.
היקף העבודה הוא בערך כהיקף מאמר מדעי אחד. עם זאת, אין חובה להגיע לתוצאות בנות פרסום במסגרת המוסמך.
מטרת לימודי המוסמך היא בראש ובראשונה להתנסות בתהליך המחקר המדעי.

בכל בעיה ניתן תמיד לפנות למזכירות ההוראה במכון למדעי החיים ועדיין , אם יש בעיות עם המנחה, ניתן לפנות גם ישירות לראש החוג.

אם הבעיה לא נפתרה כמובן שניתן לפנות גם לראש המגמה ליישוב הבעיות.

מסלול ישיר לדוקטורט אמור לקצר את הזמן הכולל של לימודי תואר שני ושלישי.

תלמיד שמתקדם היטב במחקר, סיים את מכסת הנ"ז של התואר השני ומעוניין להתקדם לדוקטורט יכול להגיש בקשה למסלול ישיר.

המסלול הישיר "חוסך" את כתיבת התזה של המוסמך ומאפשר מעבר מהיר יותר עם בחינת סינון שפרטיה המדויקים משתנים בין חוג לחוג.